L'opération 1005 démarre en juin 1942, lorsque les informations concernant les massacres de masse perpétrés par les nazis commencent à circuler à l'Ouest. La première étape se déroule dans les centre de mise à mort en Pologne, et dans le camp d'Auschwitz par la construction de crématoriums. À partir du milieu de l'année 1943, une deuxième étape se met en place avec l'ouverture systématique, de l'exhumation et du brûlage des corps des charniers constitués sur le passage des Einsatzgruppen et à proximité des camps en Union soviétique, en Pologne et en Yougoslavie.
Pour mener à bien cette tâche, les unités de l'Einsatzkommando 1005 sont placés à l'Est sous la responsabilité du colonel SS Paul Blobel qui a organisé le massacre de Babi Yar.
Ces unités « Top Secret » se composaient de dizaines de gardes de la police allemande et de centaines de travailleurs esclaves, la plupart du temps Juifs, devant être assassinés après l'achèvement des travaux dans la région.
À la suite de cette opération de nombreuses fosses communes ont été effacées, ce qui rend impossible, après la guerre, le comptage exact des crimes nazis.